Ogni volta che un alunno si assenta dalle lezioni, deve presentare una giustificazione per essere riammesso alla frequenza. Il Capo d'istituto valuta la validità della giustificazione, e decide la riammissione in classe.
Secondo le norme vigenti, all’alunno che si assenta possono essere inflitte varie forme di sanzione (in rapporto alla gravità dell’assenza), tra cui la sospensione dalle lezioni. Le sanzioni disciplinari sono inflitte dai docenti, dal Capo d'istituto o dalla Giunta esecutiva.
In caso di assenza continuativa dal 15 marzo, l’allievo perde la qualifica di alunno interno, e con essa il diritto ad essere scrutinato. Se si ritira dopo il 15 marzo, inoltre, viene considerato respinto agli effetti della classe che stava frequentando.

Le assenze possono essere distinte in più tipologie; ogni scuola definisce le proprie a seconda delle esigenze.
L'applicazione S.I.S.S.I., consente di inserire le tipologie di assenze nella tabella Tipo Assenze.
Essa presenta:

Ad esempio, per definire il ritardo alla prima ora, bisogna inserire una R (Ritardo) nel sottocampo n. 01; per definire un’assenza di tutta la giornata bisogna inserire una A (Assenza) in tutti i 16 sottocampi.