L'indennità di missione, spettante a tutti gli impiegati statali, deve essere autorizzata dal capo ufficio; nel provvedimento di disposizione della missione, devono risultare il giorno e l'ora d’inizio della missione.
Le distanze chilometriche sono relative al percorso ferroviario più breve. E' possibile l'utilizzo del mezzo proprio ma solo su specifica autorizzazione del dirigente generale.
Il personale comandato in missione può ottenere un anticipo pari alle presumibili spese di viaggio ed ai 2/3 delle presunte spese di pernottamento, dei pasti e dell’indennità di trasferta giornaliera.
Nel pacchetto applicativo S.I.S.S.I, l’indennità di missione è associata ad una specifica voce retributiva: occorre forzare la procedura di calcolo del cedolino nelle Variazioni della liquidazione attuale ed inserire gli eventuali rimborsi spese e/o le indennità di missione.